我水平可能跟你差不多，这么久没人应，就我的看法说两句。问这么外行的问题说明你及你周围的人都没有作过芯片。芯片的试验至少需要以下几步：（一）  总RNA制备；(二)  mRNA的分离与纯化；(三)   探针标记与纯化；(四) 杂交及洗涤；（五）图像处理与数据分析————其中第一至四步跟普通的试验差不多。 “Quality is everything when it comes to microarray science.”因为芯片价格的问题，我认为“挺担心一次实验，由于缺乏经验，操作不慎，导致前功尽弃。”的考虑是非常有道理的。“图像处理与数据分析”又包含4个部分：扫描仪扫描产生图像，图像文件到数据文件（也就是intensity的具体数值)的转换，数据的标准化过程，数据的进一步分析--就跟普通的试验差太多了：一、首先扫描仪很贵的，一般试验室不会特别去买。二、而且“数据的标准化过程”目前都没有完全公认的方法，即使发表在NATURE上也不一定经得起时间的检验。所以你要决定选哪几种就太难了。三、个人认为你也只有把注意力放在“数据的进一步分析上了。所以结论是只有交给公司做了。————这是一个菜鸟的看法，仅供参考，你一定要征得老手的意见后再作决定。

基因型还是表达谱？现在芯片的制作技术都不是很过关，光一个基因芯片的结果

好像不可能发表在较高档的杂志上的

如果是做表达谱的芯片，看你的经费而定。如果充足的话，可以用affymatrix的芯片，通量高，是玻璃片。但是如果你想特定选看一些细胞凋亡的基因，可以用clontech和superarray的都可以。一般来所说，点在膜上的芯片，可以重复用3次，杂交后可以洗脱。洗脱后的杂交效果，要看你的技术操作。如果洗的不好，可能会影响第二次的杂交信号，最终把几次的结果平均下来的误差会增加。表达谱芯片只是起到筛选的作用，高通量的结果必然会存在假阴性和假阳性的问题。即使是affy的也是一样的。我们做出来的都达不到公司里承诺的有效率。交给公司做，也是一样会存在这个问题的。其中的验证要靠后续的实验来确证。所以，要看你的经费情况，交给公司做，省得自己烦。现在文章发的都很多，用国内的芯片都有发国外文章的。你可以自己搜索一下就知道了。现在多数用荧光杂交的。以前多用P32杂交。clontech膜的芯片，我用过就是P32杂交的。当然同位素的敏感性最高。不过随着技术的提高，Cy的标记效果也是不错的。