在做MALAT1的ceRNA实验。从文献上看到MALAT1的表达定位是在细胞核中,应该是不会有ceRNA机制的。
但是我在用MALAT1的siRNA处理细胞后,real-timepcr结果显示MALAT1的量下降了90%,请问各位MALAT1在细胞质中相对细胞核中的含量应该是极少的,为什么knock-down的效率这么高?
它转录后应该是在胞质中加工后才往细胞核运输,《An architectural role for a nuclear noncoding RNA :NEAT1 RNA is essential for the structure of paraspeckles》。同时,MALAT1序列本身还存在两个必需的独立结构域指导其定位于核斑,分别位于MALAT1序列的1961-3040nt和6387-7011nt,这两个区域中的任何一个基因突变都导致MALAT1定位失常,游离到细胞质中,失去功能。